轉錄組測序技術主要針對轉錄產物mRNA進行高通量測序，可全面快速的獲得某一物種特定組織或者器官在某一狀態下的RNA的序列變化與表達差異，是基因功能及結構研究的基礎，目前已廣泛應用于生物學基礎研究等多個領域。

Small RNA是一類長度在18-30nt，能通過與靶mRNA特異性結合來調控其表達的內源性非編碼RNA、小RNA測序技術，能快速鑒定出不同組織、不同發育階段、不同脅迫條件下的小RNA的表達水平及其表達差異，同時可結合同一樣本的轉錄組數據進行分析，為研究小RNA的功能及調控機制提供有力的工具。 檢驗合格的測序文庫用Illumina平臺進行測序，測序策略為SE50。

長鏈非編碼RNA（long non-coding RNA,lncRNA）是一類轉錄本長度>200nt的功能分子，能夠在轉錄及轉錄后水平上調節蛋白編碼基因的表達，從而廣泛地參與包括細胞分化、個體發育在內的重要生命過程。

環狀RNA （circRNA）是一類不同于線性RNA的新型RNA分子，大多由RNA的3'端和5'端共價閉合而成環。環狀RNA有多種類型，有經典的由外顯子經過反向剪接（back-splicing）事件而成環的外顯子circRNA(ecircRNA)。